啃了论文，论文大约提出了几个关键
1.论文作者做了最近最大的一波基因型剖析（可是也只要103个），依据其间101的病毒进行分型，总结出了2个不同的类型L和S。
2.S型病毒更陈旧，L型病毒比较新。
3.L型病毒的毒力和传达性较强，S型比较弱。
4.或许是由于L型攻击力比较强的原因，导致更多的L型患者得到了较好的操控，以至于L型被人工干预较严峻。
5.S型由于毒性较弱，反而撒播到外地较多，一同由于L型被限制的原因，在1月份今后占比提高显着。
6.在103个样本中都是独自感染性，只要一个患者发现了疑似2个病毒型的混合感染。但不确认。
7.论文作者也认同病毒的S蛋白区域来自马来西亚穿山甲冠状病毒的重组，这或许是一种落落大方挑选的成果。
8.现在还没有监测到病毒有发作重组痕迹。
病毒变异这个工作是在正常不过的工作了，RNA单链病毒这玩意自身不稳定性太强，在仿制的进程中出个错或许与宿主体内其他存在的同类病毒复兴是不一样的病毒产生个重组都是很常见的状况。
比方论文作者剖析了蝙蝠的冠状病毒与马来穿山甲的冠状病毒的S蛋白受体的结合域（RBD），判别很或许是这两个病毒发作了重组，生成了现在咱们撒播的新式冠状病毒。而这这还不是一个单纯的随机组合事情，是一种归于落落大方挑选的行为。
这句话能够了解为这种重组在落落大方挑选下或许是一种必定的存在，便是更有利于病毒的传达与繁殖，所以这种重组是不可避免的。
接下来说这次论文里说到的S型和L型病毒，其实这2个姓名来历很简单，作者在剖析了149个骤变位点中的找出了43个同义和83个非同义骤变，其间大多数的骤变都是十分低的，一同并没有发现病毒有重组痕迹。
而一同作者发现在8,782这个位点和28,144处的位点基因显示出显着的连锁联系（linkage，这玩意解说起来很杂乱，咱们就当这2个基因关联性很强，在病毒被仿制的时分会一同一同被保存下来）。
在103株SARS-CoV-2病毒株中，72个毒株表现出“ CT”单倍型（界说为“ L”型，由于T28,144坐落亮氨酸的密码子中）和29个毒株表现出“ TC”单倍型（界说为“ S”型，由于C28,144坐落丝氨酸的密码子中）。
CT便是DNA构成的哪个ACTG碱基的CT，密码子便是ATCG的碱基对翻译成蛋白质的一个表，类似于乘法口诀表，3个碱基对对应一个氨基酸。
SARS-CoV-2病毒分为两种首要类型，L是首要类型（70％），S是非必须类型（30％）。
蓝色是L型病毒，赤色是S型病毒，每一个小节点是一个病毒样本的编号，那么能看的出来是从S型赤色病毒进化出了L型蓝色病毒，以及他的一个进化进程。
一同选用S型病毒、L型病毒，与穿山甲冠状病毒以及蝙蝠身上的病毒还有SARS进行比照也能发现，S型病毒更挨近与穿山甲冠状病毒和蝙蝠冠状病毒。
L类型是S类型骤变过来的，但L的份额更多，能够阐明L具有比S类型更高的感染力率。
从武汉别离出的27种病毒中，有26种（96.3％）是L型，只要1种（3.7％）为S型。可是，在武汉以外的其他73种病毒中，有45种（61.6％）L型，其间28种（38.4％）为S型。比较标明，L型是武汉的盛行程度显着高于其他地方。2020年1月7日之前别离出的26个样本悉数来自武汉，从2020年1月7日开端搜集的74个样本中，只要一个来自武汉有33个来自我国其他地方，40个来自我国以外的患者。
定论或许是L型尽管传达力更强，可是L型的毒性也或许更强，以至于更共识被人类的防控办法所限制，也便是人工挑选（差异于落落大方进化）使得更陈旧，毒性更低的S型传达规模更广了。
经过上图能看出来武汉以外区域S型显着多一些，并且跟着咱们的国家防控办法收效今后L型得到了有用的按捺，使得S型病毒份额增加了。
现在没太搞清楚病毒是怎样从S型进化到L型的，可是从少量病患体内（一个美国一个澳大利亚）发现患者体内或许一同存在S型和L型的病毒。有很大的或许是他们被2种病毒感染。
这张图里把一切的S和L型病毒进行的进化树的分类，其实你们能够直观的看出来S和L并不是2个病毒的姓名，而是两类具有一些共同点的病毒分类。每一个病毒之间多多少少都有一些不同的骤变的，这正契合了RNA病毒仿制的进程中没谱的状况。
咱们感兴趣能够把这个图片扩大，比方WH的便是从武汉找到的样本，后边的WH-2020/01/05便是病毒被检测或许测序的时刻，同理GD便是广东，USA便是美国啥的。很共识了解。在这棵树上离得越近的病毒阐明他们的序列越挨近，离得越远的阐明他们的序列差的越多。
举个比方，USA-2020/1/25a和US-2020/1/19a和USA-2020/1/25b这三个美国的样本就基本是共同的序列，他们和CQ-2020/1/21a十分挨近，CQ我估量应该是重庆。
假如缓步代车上盛行病学的查询，比方这三个美国患者去过重庆，或许是免除过从重庆回来的感染者一类的，就能够剖析了。所以光生信是不可的，仍是要结合盛行病学的查询成果。
